High Speed!: Free! Starting Days narra del periodo in cui Haruka e Makoto hanno frequentato il primo anno di scuola media all'Iwatobi. Dopo la partenza di Rin per l'Australia, Haruka si sente molto frustrato e ogni volta che rientra in piscina, pensa alla staffetta che aveva corso alle elementari insieme a lui, Makoto e Nagisa. Sia Haru sia Makoto iniziano a porsi la domanda se vogliono veramente continuare col nuoto. In questa delicata fase sono persone esterne al duo, come compagni di classe, senpai del club di nuoto, a innescare il punto di domanda. È soprattutto diventando amici di Asahi e Ikuya, due compagni di classe di Haru, che scattano tutta una serie di gelosie, incomprensioni, sentimenti contrastanti che scaturiscono da un cambiamento in atto, cambiamento che porterà Makoto e Haruka a essere quello che sono in Free! (da Animeclick)