La protagonista, Yukimura Chizuru, è la figlia di un dottore che pratica ad Edo. Dopo che suo padre ha lasciato Edo per andare a Kyoto per lavoro, senza sentire notizie per mesi, decide di andare a cercarlo. Ma non appena mette piede a Kyoto viene attaccata da dei criminali inquietanti... e salvata dalla Shinsengumi. Tuttavia, lei non dovrebbe aver visto nulla...
È così che inizia la sua avventura nel loro quartier generale.